Ida-Harju Koostöökoja juhatus on 8 liikmeline. Juhatuse koosseisu kinnitas 26. juuni 2019 üldkoosolek järgnevalt:
| Nr | Nimi | Sektor | Organisatsioon* |
| 1 | Merle Pussak | Avalik sektor (KOV) | Kose Vallavalitsus |
| 2 | Marge Raja | Avalik sektor (KOV) | Anija Vallavalitsus |
| 3 | Õnnela Metsaorg | Avalik sektor / kolmas sektor | |
| 4 | Vello Einland | Erasektor | Kivikose OÜ |
| 5 | Alari Kruusvall | Kolmas sektor (MTÜ) | |
| 6 | Tõnis Väli | Erasektor (OÜ) | |
| 7 | Sille Noor | Kolmas sektor (MTÜ) | |
| 8 | Kristel Kadapik | Kolmas sektor |
*vastavalt Euroopa Liidu ühise põllumajanduspoliitika rakendamise seadus § 69 (6) “Kohaliku tegevusgrupi juhatuse liikmetest vähemalt kolm on kohaliku tegevusgrupi füüsilisest isikust liikmed või kohaliku tegevusgrupi juriidilisest isikust liikmete esindajad.”
Juhatuse liikmed on kõik eraisikud (st ükski juhatuse liige ei esinda juhatuses mitte ühtegi kolmandat organisatsiooni) ja esindavad juhatuse liikmetena Ida-Harju Koostöökoja parimaid huvisid
Varasemalt on Ida-Harju Koostöökoja juhatusse kuulunud:
- Anu Nutt (2008-2010, Tõhelgi külaselts, Raasiku vald)
- Jaanika Toome (2008 – 2014, MTÜ Tuulekell, Raasiku vald)
- Arvo Rodi (2008 – 2014, MTÜ Kose Suusa- ja Tervisespordi klubi, Kose vald)
- Ülle Rink (2008 – 2019, Kivisaare Ratsatalu OÜ, Aegviidu/Anija vald)
- Lydia Kruusmann (2008 – 2019, Koostöökoda MTÜ, Anija vald)